自体干细胞移植是目前治疗研究方面的一个热点，可以用于治疗恶性血液病、遗传病等。其风险主要在于高感染率和免疫抑制剂副作用两个方面，目前该方法仍然被列为尝试性治疗方法。
1、高感染率：接受自体干细胞移植后，由于免疫功能的抑制，感染几率明显增加，可引起感染的病原体主要包括细菌、真菌、病毒等；
2、免疫抑制剂副作用：自体干细胞移植时机选择的原则是使白血病或肿瘤细胞等负荷减少到最低的程度，因此需经化疗或放疗，可表现为不同程度的血尿、恶心、呕吐等症状。
此外，自体干细胞移植在国外一些机构也可用于抗衰老治疗的开展，有一定的效果，常见风险包括感染，主要是由于采集自体干细胞过程中无菌操作不严格导致，而且细胞采集后需要在一定温度和渗透压下才能存活，有的机构并不正规，细胞提取也不规范，所以可能没有效果。因此，无论何种用途的自体干细胞移植都应慎重考虑，不建议盲目选择。
